El casco urbano de Congosto de Valdavia está situado en un valle, a una altitud de unos 970 metros. Rodeado de montes en los que crecen principalmente robles y pinos.
El río Valdavia pasa por el núcleo de población y el río Boedo pasa por los terrenos del pueblo. Además consta de muchos arroyos y fuentes.
Congosto se encuentra en el norte de la Valdavia, linda con los siguientes municipios: La Puebla de Valdavia, Buenavista de Valdavia, Tabanera de Valdavia, Olmos de Ojeda, Respenda de la Peña y Castrejón de la Peña.